从上往下，南玄宗架构分别是一宗、两院、三殿、十六山。宗门上下日常大事，由南玄宗宗主妙山真人一言决之。宗主之下，设有道院、修院两大长老院。随后便是天、地、人三殿，三殿之中，主事之人都是修为突破了凝丹期的高阶存在，三殿殿主更是道灵期的老祖级人物。而十六山，则是分门别类由两院或者三殿直接管控。
一宗之主、两院院尊、三殿殿主，乃是南玄宗最高领导集团，掌控着这个庞大的宗门发展以及生存的命脉。六人修为也是高绝，都是道灵境界。
下面十六山山主，则是南玄宗的中流砥柱，在南域都是风云一时的人物，修为都在凝丹后期。
而南玄宗的弟子，分为核心、真传、内门、外门、杂役五种，按照修为高低划分弟子等级。北辰这些在十八山之内正式修行学习的化血期弟子，全部是外门弟子。修为晋升固元中期之后，有了拜师权利，并被宗门凝丹期存在收为弟子，才可以晋升为内门弟子。
至于真传弟子，就必须是凝丹期的修为，并得到宗门核心领导团的首肯，才可以晋升。最后也是最神秘的是核心弟子，传闻南玄宗每一届的核心弟子，绝对不超过五指之数。
南玄宗的弟子，身份每进阶一级，所得到的宗门支持与资源，会有大幅提升。