护法之役
当国会解散后，广东、广西即宣布不受非法内阁干涉。及复辟之役既定，黎元洪辞职，由副总统冯国璋入京代理。北方的人，主张民国业经中断，可仿民国初年之例，召集参议院。于是云南亦宣言拥护《约法》。国会开非常会议于广州，议决《军政府组织大纲》。在《临时约法》未恢复前，以大元帅任行政权。选举孙中山为大元帅。后又改举总裁七人，组织总裁会议，由政务员所组织的政务院赞襄之，以行使行政权。是为护法之役。护法军和北军战于湖南，彼此无甚结果。北方召集参议院，修改《国会组织法》和《两院议员选举法》，据以召集国会。选徐世昌为总统。于七年（1918）10月10日就职。就职之后，通电南北停战议和。在上海开和平会议。至八年（1919）5月间，亦卒决裂。
直皖之战与奉直之战
冯国璋代理总统时，段祺瑞仍为国务总理。段祺瑞是安徽人，冯国璋是直隶人，一时遂有皖系和直系的名目。当我国加入欧战时，曾大借日款，练成参战军，以段祺瑞为督办。欧战既终，改为边防军。民国九年（1920），第三师师长吴佩孚自衡阳撤防北上，段祺瑞将边防军改为定国军。两军在近畿冲突，定国军战败。段祺瑞遂辞职。是为皖直之战。