中叶以后，母后临朝，外戚执政，每假兵权以自重，而大将军遂为中央最高之官，合太傅及三公，称为五府。
后汉光武时，吴汉以大将军为大司马。注，后汉大将军自为一官，其大司马不加于其上。和帝时，以窦宪为之。旧大将军，位在三公下，置官属，依太尉。宪威权振朝廷，公卿希旨，奏宪位次太傅下，三公上。……自安帝政理衰缺，始以嫡舅耿宝为大将军，常在京都。顺帝即位，又以皇后父兄弟，相继为大将军如三公，汉末犹在三公上。（《通考》卷五九《职官考》一三）
献帝朝，曹操秉政，废三公而置丞相。
建安十三年。西元208年。六月，罢三公官，置丞相、御史大夫。（《后汉书》卷九《献帝纪》）
乙、地方
东汉地方官，初亦为郡县两级，设置监司，制同于前汉。
【子】州部
司隶校尉一人，比二千石。（《后汉书》卷三七《百官志》四）