案情全部侦查清楚后，1998年11月10日，玉溪市检察院再次就杀害朱万东、朱云忠一案向玉溪市中级法院提起公诉。被害人的亲属以要求被告人赔偿经济损失为由，提起附带民事诉讼。1998年11月26日至28日，玉溪中院第二次公开开庭审理此案。除了第一次开庭审理时的五名被告人之外，还有第一被告朱绍能及谷绍祥站在被告席上。
数百名群众自发来到审判庭旁听，没有挤进法庭的许多群众聚集在法庭周围，等待着审判结果。
在法庭上，朱红云供述了朱绍能指使他雇杀手杀人的整个过程，还如实交代了朱绍能拿出两万多元人民币给他转付杀人佣金和购买作案用吉普车的情况。
法庭调查到付杀人佣金一节犯罪事实时，朱红云供述：关于朱朱万东一事，飞学文讨价还价，商定事成后给杀手八万元钱，告诉朱绍能后他也同意了。大概在6月初的一天，飞学文打传呼叫我拿两万元钱给杀手。到了第二天，我到了朱绍能的办公室跟他说杀手要钱。他很快凑了两万元给我。我就拿着钱到军分区门口，拿了一万五千万元给飞学文转给杀手。
当天晚上，朱红云请飞学文和两名杀手吃晚饭。第二天，朱红云便领着他们三人租了一辆车，去洛河一带看路线、踩点。