马科蕾返回印度后，很快组织了一个“商业”考察团，包括测量、绘图、医务、翻译等人员，还有300名印度士兵组成的卫队，随带有驯象10只、各色礼物百余驮。1886年初，考察团在大吉岭集中，准备于旧历三月中旬起程，并扬言如果藏人阻拦，将带兵3000名自行保护进藏。
驻藏大臣色楞额在获悉马科蕾一行的行动后，既不敢严正拒绝马科蕾的武装威胁，也无法强迫西藏僧俗官员同意英人的要求，便奏报清廷，痛陈英人入藏，尤其是印茶销藏的危害，“必使川省之茶无处行售。彼得独专厚利，我乃坐失重资”。奏报引起了清廷的重视，总理衙门与英国公使欧格讷反复交涉，要求考察团暂缓入藏。当时，中英间关于缅甸问题的谈判几成僵局，英国为了诱使中国承认其吞并缅甸，决定在入藏问题上稍作让步。1886年7月，中英双方以中国承认英国占领缅甸、英国取消入藏考察为交换条件，在北京正式签订中英《缅甸条款》。英国虽然暂时取消了马科蕾的入藏考察，但很快又开始策划边界纠纷，对西藏发动了武力进犯。