李纯又下诏讨伐刘辟，他任命高崇文为左神策行营节度使，与山南西道节度使严砺、剑南东川节度使李康等人强强联手。高崇文手下的士兵个个战斗力强大，而且高崇文一直带兵打仗，作战和用兵的策略上都很高明。刘辟畏惧高崇文，决定先和别的节度使交手，他攻陷了梓州，抓住了剑南东川节度使李康。高崇文前去搭救，攻克了梓州，又在接下来的几次战役中打败了刘辟。在攻克成都后，高崇文活捉了刘辟，将他押回长安，刘辟和他的儿子被诛杀，剑南西川叛乱顺利平定。
蜀地被平定后，很多藩镇都心中恐惧，要求入朝，镇海节度使李琦也提出了这样的请求，但到了入朝的时候，他又说自己得了病来不了，在润州叛乱。李纯立刻削去了李琦的宦爵和属籍，派出军队讨伐李锜。镇海军兵马使张子良和润州大将李奉独等人抓住了李锜，朝廷将李锜诛杀，又没收了他的财产，赐给百姓，至此淮海之乱也被平定了。
一波刚平一波又起，魏博节度使田季安去世了，他的儿子田怀谏当了副大使，当时田怀谏只有十一岁，军心不安，李纯试图借机控制魏博。当时魏博三军共同举荐田季安手下的大将田兴执掌大权，将士们想要进行兵谏，田兴知道后，跪在地上请求士兵们，但是将士们已经下定决心，田兴无可奈何，只能请求他们不要伤到田怀谏，将士们答应了，杀了蒋士则等十余人。李纯下诏封田兴为魏州大都督府长史和魏博节度使，赐田兴名弘正，田兴以魏博六州归顺朝廷，李纯就这样成功收复了魏博六州。