在四川方面，康熙皇帝重新起用王进宝，驰赴保宁，兼守汉中，以对付谭弘父子的骚扰。并调换指挥不得力的满洲将军吴丹和鄂克济哈，代之以署西安将军佛尼勒为建威将军，调遣永宁一路；以都统觉罗纪哈里为宣威将军，调遣建昌一路。令其驰赴赵良栋军前，会商剿贼，力争就地歼灭入蜀吴军。当康熙皇帝得知胡国柱等人逃遁消息之后，于三月二十日急令将军佛尼勒、赵良栋等人“于文到之日，即各统官兵速行追击，勿使其援云南之敌。赵良栋从三月起追剿胡国柱于观音崖，五月收复泸州、叙州(宜宾市)、永宁(叙永),七月取建昌(西昌),乘胜渡金沙江，进入云南武定州继续追剿。胡国柱由鹤庆入云龙州，因走投无路而自杀；马宝逃到姚安，被迫投降；夏国相逃至广南势穷乞降。赵良栋完成追剿任务之后，于九月率宁夏兵抵昆明”。
至昆明后，赵良栋发现，先到的两位大将军离昆明四十余里安营，并未设兵断敌水路，致使贼众米粮照旧运行，城内并无危急。而清兵十余万围城九月未下，粮饷供应已较困难。因此，他主张就近速战，并要求担任主攻。大将军贝子以满洲贵族特权为重，却不顾大局，断然拒绝这一正确主张。幸好赵良栋已向康熙皇帝奏请，并得到支持。